Cultura Secular foi fundada em maio de 2003, junto com o Secular Sistema de Ensino de Ciências, pela profa.Larissa Perdigão. A revista foi criada para servir como veículo de comunicação do Secular, que, à época, oferecia cursos pré-vestibulares e aulas de reforço escolar, além de atuar pesquisando e desenvolvendo materiais didáticos.

Desde o início com periodicidade semestral, a revista se serviu intensamente de artigos já publicados pela profa.Larissa Perdigão em outros veículos, como a Revista Eletrônica de Ciências da Universidade de São Paulo. Posteriormente, a revista passou a contar com novos colaboradores, em artigos inéditos.

A revista sempre foi eletrônica, embora artigos de algumas edições tenham sido republicados em versões impressas, para fins de publicidade do Secular e seus serviços educacionais.

Cultura Secular mudou de local de edição duas vezes: em 2009, saindo de São Carlos (SP) e fixando-se em Gurupi (TO), e em 2014, deixando Gurupi (TO) rumo a Brasília (DF).

Nesta última mudança, a revista deixou de ser ligada ao Secular Sistema de Ensino de Ciências, que encerrou suas atividades, e passou à responsabilidade do grupo de pesquisa “Investigações Transdisciplinares em Educação para a Ciência, Saúde e Ambiente” (Itexa).

O Itexa foi criado em 2013 e está cadastrado no Diretório dos Grupos de Pesquisa do CNPq. Atualmente, é liderado pelas professoras Larissa Perdigão e Michelle Zampieri, hoje docentes da Universidade de Brasília. O grupo reúne pesquisadores das mais diversas áreas do conhecimento com interesses na transdisciplinaridade.

No atual contexto, Cultura Secular serve como veículo de divulgação da produção cultural dos pesquisadores do Itexa, especialmente de seus textos de divulgação científica e cultural.

O Itexa oferece cursos de redação de textos de divulgação científica, e a produção dos alunos desses cursos também tem em Cultura Secular um veículo privilegiado para sua difusão.